Tugas pokok Dinas Perhubungan Kabupaten Natuna adalah merumuskan, mengkoordinasikan dan menetapkan kebijakan daerah yang berkaitan dengan perhubungan.
Sedangkan fungsi Dinas Perhubungan Kabupaten Natuna adalah :
- Perumusan kebijakan teknis, koordinasi di bidang perhubungan;
- Penyelenggaraan urusan pemerintah dan pelayanan umum di bidang perhubungan;
- Pembinaan, fasilitasi dan pelaksanaan tugas di bidang perhubungan;
- Pelaksanaan pengendalian, pemantauan dan evaluasi kegiatan di bidang perhubungan; dan
- Pelaksanaan tugas-tugas lain yang diberikan oleh Bupati.