Dinas Perhubungan Kabupaten Natuna dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Natuna Nomor 6 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah di Lingkungan Pemerintah Kabupaten Natuna.
Dinas Perhubungan Kabupaten Natuna merupakan Organisasi Perangkat Daerah (OPD) dengan grade Tipe-C yang memiliki susunan organisasi sebagai berikut :
1. Kepala Dinas
2. Sekretariat, terdiri dari :
a. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
b. Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan
3. Bidang Lalu Lintas Dan Angkutan , terdiri dari :
a. Seksi Lalu Lintas
b. Seksi Angkutan
c. JF. Pengawas Pengujian Kendaraan Bermotor
4. Bidang Prasarana Dan Keselamatan, terdiri dari :
a. Seksi Prasarana
b. Seksi Pengembangan
c. JF. Analis Kebijakan
5. Kelompok Jabatan Fungsional
6. UPTD